Paketti: molphy (2.3b3-5) [non-free]

[ Source: molphy  ]

Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language)

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix

Utilities (Perl)

 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing

Muut pakettiin molphy liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [ei ia64]

  Sulautettu GNU C -kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  Sulautettu GNU C -kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

Imuroi molphy

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	276.1 kt	876.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	307.2 kt	912.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	236.0 kt	816.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64	410.4 kt	1,432.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips	310.4 kt	1,024.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	311.2 kt	984.0 kt	[tiedostoluettelo]
powerpc	299.7 kt	908.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390	268.2 kt	856.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc	268.5 kt	840.0 kt	[tiedostoluettelo]