[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: sigma-align  ]

Paketti: sigma-align (1.1.1-3)

Simple greedy multiple alignment of non-coding DNA sequences

Sigma ("Simple greedy multiple alignment") is an alignment program with a new algorithm and scoring scheme designed specifically for non-coding DNA sequence. It uses a strategy of seeking the best possible gapless local alignments, at each step making the best possible alignment consistent with existing alignments, and scores the significance of the alignment based on the lengths of the aligned fragments and a background model which may be supplied or estimated from an auxiliary file of intergenic DNA.

Sigma has been published in BMC Bioinformatics. 2006 Mar 16;7:143.

Tagit: Field: Biology, Implemented in: OCaml, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Muut pakettiin sigma-align liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ei alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
  • dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0)
    glib-kirjaston C-rutiinit

Imuroi sigma-align

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 24.6 kt112 kt [tiedostoluettelo]
amd64 22.7 kt108 kt [tiedostoluettelo]
arm 21.3 kt100 kt [tiedostoluettelo]
armel 23.8 kt108 kt [tiedostoluettelo]
hppa 23.7 kt108 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 20.9 kt100 kt [tiedostoluettelo]
i386 21.0 kt100 kt [tiedostoluettelo]
ia64 30.3 kt136 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 (epävirallinen siirros) 22.7 kt72 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 (epävirallinen siirros) 20.9 kt66 kt [tiedostoluettelo]
m68k 20.4 kt100 kt [tiedostoluettelo]
mips 23.4 kt112 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 23.7 kt112 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 25.1 kt112 kt [tiedostoluettelo]
s390 22.3 kt104 kt [tiedostoluettelo]
sparc 21.3 kt104 kt [tiedostoluettelo]