[  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: sibsim4  ]

Paketti: sibsim4 (0.17-1)

align expressed RNA sequences on a DNA template

The SIBsim4 project is based on sim4, which is a program designed to align an expressed DNA sequence with a genomic sequence, allowing for introns. SIBsim4 is a fairly extensive rewrite of the original code with the following goals: 

 * speed improvement;
 * allow large, chromosome scale, DNA sequences to be used;
 * provide more detailed output about splice types;
 * provide more detailed output about polyA sites;
 * misc code cleanups and fixes.

Tagit: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Muut pakettiin sibsim4 liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ei alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

Imuroi sibsim4

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 37.2 kt116 kt [tiedostoluettelo]
amd64 32.0 kt104 kt [tiedostoluettelo]
arm 31.0 kt96 kt [tiedostoluettelo]
armel 32.9 kt104 kt [tiedostoluettelo]
hppa 33.6 kt104 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 29.9 kt96 kt [tiedostoluettelo]
i386 30.4 kt96 kt [tiedostoluettelo]
ia64 47.3 kt152 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 (epävirallinen siirros) 33.3 kt80 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 (epävirallinen siirros) 30.9 kt70 kt [tiedostoluettelo]
m68k 27.6 kt92 kt [tiedostoluettelo]
mips 34.2 kt112 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 34.2 kt112 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 33.9 kt108 kt [tiedostoluettelo]
s390 33.7 kt104 kt [tiedostoluettelo]
sparc 31.2 kt104 kt [tiedostoluettelo]