[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: poa  ]

Paketti: poa (2.0+20060928-2)

Partial Order Alignment for multiple sequence alignment

POA is Partial Order Alignment, a fast program for multiple sequence alignment (MSA) in bioinformatics. Its advantages are speed, scalability, sensitivity, and the superior ability to handle branching / indels in the alignment. Partial order alignment is an approach to MSA, which can be combined with existing methods such as progressive alignment. POA optimally aligns a pair of MSAs and which therefore can be applied directly to progressive alignment methods such as CLUSTAL. For large alignments, Progressive POA is 10-30 times faster than CLUSTALW. POA is published in Bioinformatics. 2004 Jul 10;20(10):1546-56.

Tagit: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Muut pakettiin poa liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ei alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
  • sug: blast2
    Basic Local Alignment Search Tool

Imuroi poa

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 51.2 kt228 kt [tiedostoluettelo]
amd64 49.0 kt196 kt [tiedostoluettelo]
arm 49.5 kt208 kt [tiedostoluettelo]
armel 52.1 kt204 kt [tiedostoluettelo]
hppa 48.0 kt212 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 44.1 kt180 kt [tiedostoluettelo]
i386 44.1 kt184 kt [tiedostoluettelo]
ia64 69.8 kt368 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 (epävirallinen siirros) 49.0 kt154 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 (epävirallinen siirros) 44.0 kt138 kt [tiedostoluettelo]
m68k 40.6 kt176 kt [tiedostoluettelo]
mips 48.0 kt252 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 49.2 kt260 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 46.5 kt208 kt [tiedostoluettelo]
s390 51.8 kt208 kt [tiedostoluettelo]
sparc 45.7 kt216 kt [tiedostoluettelo]