[  sarge  ] [  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: epcr  ]

Paketti: ncbi-epcr (2.3.10-1 ja muut)

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.

The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontigous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.

The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.

Tagit: Field: Biology, Role: Program, Scope: Utility

Muut pakettiin ncbi-epcr liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.3.5-1) [hurd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ei alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-12) [hurd-i386]
    GCC:n apukirjasto
    dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-21) [alpha, amd64, i386, ia64]
    dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1-4) [mips, mipsel, powerpc, s390, sparc]
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1-1) [m68k]
    GCC:n apukirjasto
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1-21) [hppa]
    GCC:n apukirjasto
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.1-12) [hurd-i386]
    GNU Standard C++ -kirjasto, versio 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.2.1-4) [ei armel, hurd-i386, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    A library to determine the call-chain of a program - runtime
  • rec: bioperl
    Perl tools for computational molecular biology
  • rec: ncbi-epcr-data
    Paketti ei saatavilla
  • sug: bioperl
    Perl tools for computational molecular biology

Imuroi ncbi-epcr

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Versio Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 2.3.10-1 211.0 kt640 kt [tiedostoluettelo]
amd64 2.3.10-1 195.2 kt520 kt [tiedostoluettelo]
arm 2.3.10-1 219.1 kt548 kt [tiedostoluettelo]
armel 2.3.10-1 183.8 kt472 kt [tiedostoluettelo]
hppa 2.3.10-1 231.9 kt584 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 1.2.0-3 14.4 kt76 kt [tiedostoluettelo]
i386 2.3.10-1 188.5 kt476 kt [tiedostoluettelo]
ia64 2.3.10-1 268.8 kt892 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 (epävirallinen siirros) 2.3.10-1 196.4 kt464 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 (epävirallinen siirros) 2.3.10-1 191.8 kt432 kt [tiedostoluettelo]
m68k 2.3.10-1 177.9 kt484 kt [tiedostoluettelo]
mips 2.3.10-1 209.7 kt692 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 2.3.10-1 209.8 kt692 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 2.3.10-1 204.6 kt544 kt [tiedostoluettelo]
s390 2.3.10-1 192.1 kt504 kt [tiedostoluettelo]
sparc 2.3.10-1 196.9 kt528 kt [tiedostoluettelo]