[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: kalign  ]

Paketti: kalign (2.04-2 ja muut)

Global and progressive multiple sequence alignment

Kalign is a command line tool to perform multiple alignment of biological sequences. It employs the Muth-Manber string-matching algorithm, to improve both the accuracy and speed of the alignment. It uses global, progressive alignment approach, enriched by employing an approximate string-matching algorithm to calculate sequence distances and by incorporating local matches into the otherwise global alignment.

Tagit: Biology: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Muut pakettiin kalign liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.9) [hurd-i386]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.3) [amd64, hppa, i386, mips, mipsel]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.4) [armel, powerpc, s390]
    dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3) [ia64]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

Imuroi kalign

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Versio Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 2.04-2 103.9 kt316 kt [tiedostoluettelo]
amd64 2.04-2 98.9 kt288 kt [tiedostoluettelo]
armel 2.04-2 104.5 kt284 kt [tiedostoluettelo]
avr32 (epävirallinen siirros) 2.04-2 100.1 kt216 kt [tiedostoluettelo]
hppa 2.04-2 93.7 kt264 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 2.04-2 85.9 kt264 kt [tiedostoluettelo]
i386 2.04-2 85.7 kt264 kt [tiedostoluettelo]
ia64 2.04-2 152.8 kt532 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 2.04-2 98.8 kt276 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 2.04-2 85.9 kt228 kt [tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros) 2.04-1 70.1 kt228 kt [tiedostoluettelo]
mips 2.04-2 91.4 kt308 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 2.04-2 92.1 kt308 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 2.04-2 94.3 kt280 kt [tiedostoluettelo]
s390 2.04-2 93.7 kt268 kt [tiedostoluettelo]
sparc 2.04-2 81.9 kt256 kt [tiedostoluettelo]