Paketti: fasttree (2.1.11-2 ja muut)

[ Source: fasttree  ]

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Muut pakettiin fasttree liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29) [ei alpha, ia64, riscv64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

Imuroi fasttree

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	176.6 kt	531.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.1.11-2	176.6 kt	483.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.1.11-2	167.5 kt	465.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.1.11-2	172.2 kt	509.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.1.11-2	164.9 kt	385.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	170.8 kt	471.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.1.11-2	178.9 kt	517.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	208.6 kt	857.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	161.9 kt	465.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.1.11-2	171.5 kt	527.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	181.7 kt	635.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.1.11-2	181.9 kt	635.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.1.11-2+b1	178.3 kt	423.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.1.11-2	166.4 kt	493.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	187.7 kt	441.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	163.5 kt	493.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.1.11-2	175.3 kt	469.0 kt	[tiedostoluettelo]