[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: amap-align  ]

Paketti: amap-align (2.2-1)

Protein multiple alignment by sequence annealing

AMAP is a command line tool to perform multiple alignment of peptidic sequences. It utilizes posterior decoding, and a sequence-annealing alignment, instead of the traditional progressive alignment method. It is the only alignment program that allows to control the sensitivity / specificity tradeoff. It is based on the ProbCons source code, but uses alignment metric accuracy and eliminates the consistency transformation.

The java visualisation tool of AMAP 2.2 is not yet packaged in Debian.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C++, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing, Supports Format: Plain Text

Muut pakettiin amap-align liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [ei alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-21) [ei armel, avr32, hppa, hurd-i386, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
    GCC:n apukirjasto
    dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [avr32, hurd-i386]
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [armel]
    dep: libgcc1 (>= 1:4.4) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1-1) [m68k]
    Paketti ei saatavilla
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1-21) [hppa]
    GCC:n apukirjasto
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [avr32, hurd-i386]
    GNU Standard C++ -kirjasto, versio 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.2.1-4) [ei armel, avr32, hurd-i386, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel]
    dep: libstdc++6 (>= 4.4) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    A library to determine the call-chain of a program - runtime

Imuroi amap-align

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 162.6 kt356 kt [tiedostoluettelo]
amd64 135.6 kt324 kt [tiedostoluettelo]
armel 130.7 kt304 kt [tiedostoluettelo]
avr32 (epävirallinen siirros) 144.9 kt284 kt [tiedostoluettelo]
hppa 157.9 kt328 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 122.8 kt300 kt [tiedostoluettelo]
i386 124.4 kt256 kt [tiedostoluettelo]
ia64 222.6 kt568 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 142.6 kt336 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 122.9 kt288 kt [tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros) 112.3 kt296 kt [tiedostoluettelo]
mips 155.7 kt384 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 156.4 kt384 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 149.5 kt316 kt [tiedostoluettelo]
s390 125.1 kt304 kt [tiedostoluettelo]
sparc 131.5 kt316 kt [tiedostoluettelo]