[  etch  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: molphy  ]

Paketti: molphy (2.3b3-2) [non-free]

[Biology] Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language) 

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix
Utilities (Perl) 
 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Homepage: http://www.ism.ac.jp/ismlib/softother.e.html

Tagit: Field: Biology, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Application

Muut pakettiin molphy liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc6 (>= 2.3.2.ds1-21) [i386, sparc]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [ei alpha, i386, ia64, sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.2.ds1-21) [alpha]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [ia64]
  • dep: perl
    Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten
  • sug: phylip
    [Biology] A package of programs for inferring phylogenies

Imuroi molphy

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 356.4 kt996 kt [tiedostoluettelo]
arm 266.8 kt852 kt [tiedostoluettelo]
hppa 317.3 kt892 kt [tiedostoluettelo]
i386 250.8 kt832 kt [tiedostoluettelo]
ia64 428.3 kt1552 kt [tiedostoluettelo]
mips 315.7 kt1188 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 317.3 kt1080 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 286.8 kt908 kt [tiedostoluettelo]
sparc 278.2 kt848 kt [tiedostoluettelo]