[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: amap-align  ]

Paketti: amap-align (2.0-1)

Protein multiple alignment by sequence annealing

AMAP is a command line tool to perform multiple alignment of peptidic sequences. It utilizes posterior decoding, and a sequence-annealing alignment, instead of the traditional progressive alignment method. It is the only alignment program that allows to control the sensitivity / specificity tradeoff. It is based on the ProbCons source code, but uses alignment metric accuracy and eliminates the consistency transformation. 

 Homepage: http://bio.math.berkeley.edu/amap/

Tagit: Field: Biology, Implemented in: C++, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Muut pakettiin amap-align liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [ei alpha, i386, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.6-6) [i386]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [alpha, ia64]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.0) [ei hppa]
    GCC:n apukirjasto
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.0) [hppa]
    GCC:n apukirjasto
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.0)
    GNU Standard C++ -kirjasto, versio 3
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    A library to determine the call-chain of a program - runtime

Imuroi amap-align

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha 132.8 kt308 kt [tiedostoluettelo]
amd64 106.4 kt272 kt [tiedostoluettelo]
arm 103.9 kt288 kt [tiedostoluettelo]
hppa 126.1 kt276 kt [tiedostoluettelo]
i386 95.2 kt252 kt [tiedostoluettelo]
ia64 185.4 kt484 kt [tiedostoluettelo]
mips 120.8 kt324 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 121.6 kt324 kt [tiedostoluettelo]
powerpc 118.7 kt268 kt [tiedostoluettelo]
s390 97.2 kt260 kt [tiedostoluettelo]
sparc 100.8 kt264 kt [tiedostoluettelo]