[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: tree-puzzle  ]

Package: tree-ppuzzle (5.2-6 and others)

Reconstrucción de árboles filogenéticos por máximas probabilidades

TREE-PUZZLE (el nuevo nombre de PUZZLE) es un programa de consola interactivo que implementa un algoritmo de búsqueda rápida en árbol, dividiendo en cuartetos, que permite el análisis de grandes conjuntos de datos y les asigna automáticamente estimaciones de soporte de cada rama interna. TREE-PUZZLE también calcula las distancias de probabilidad máxima por parejas así como las longitudes de las ramas para los árboles que especifique el usuario. Las longitudes de las ramas también se pueden calcular bajo el uso del reloj. Además, TREE-PUZZLE ofrece un método nuevo, el mapeado de probabilidad, para investigar el soporte de ramas internas hipotéticas sin calcular todo el árbol y para ver el contenido filogenético de una alineación de secuencia.

Esta es la versión paralelizada de tree-puzzle.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to tree-ppuzzle

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: lam-runtime [armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    LAM runtime environment for executing parallel programs
  • dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.4) [armel, mips, mipsel, s390]
    Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5) [avr32, hppa]
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7) [amd64, i386, powerpc, sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha, ia64]
    Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: liblam4 [armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    Shared libraries used by LAM parallel programs
  • dep: libopenmpi1.3 [not armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    high performance message passing library -- shared library
  • dep: libsprng2
    The SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package
  • dep: openmpi-bin [not armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    high performance message passing library -- binaries
  • rec: tree-puzzle-doc
    Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
  • sug: phylip
    package of programs for inferring phylogenies
  • sug: treetool
    Package not available

Download tree-ppuzzle

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
alpha 5.2-6 190.8 kB484 kB [list of files]
amd64 5.2-6 174.1 kB412 kB [list of files]
armel 5.2-5 169.3 kB400 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 5.2-5 161.2 kB332 kB [list of files]
hppa 5.2-5 172.4 kB396 kB [list of files]
i386 5.2-6 154.6 kB384 kB [list of files]
ia64 5.2-6 254.9 kB776 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 5.2-6 173.7 kB386 kB [list of files]
kfreebsd-i386 5.2-6 154.9 kB370 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 5.2-5 126.9 kB352 kB [list of files]
mips 5.2-5 181.8 kB484 kB [list of files]
mipsel 5.2-5 180.9 kB484 kB [list of files]
powerpc 5.2-6 184.2 kB424 kB [list of files]
s390 5.2-5 157.0 kB372 kB [list of files]
sparc 5.2-6 168.1 kB400 kB [list of files]