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PerlPrimer es una aplicación con interfaz gráfica, libre y de código abierto, escrita en Perl para diseñar cebadores para Reacciones en Cadena de la Polimerasa (PCR), bisulfito PCR, PCR en tiempo real (QPCR) y secuenciación. Permite automatizar y simplificar el proceso de diseño del cebador.
Si es usado en línea, es capaz de comunicarse con el proyecto Ensembl para otras ideas sobre la estructura de los genes. Por ejemplo, permite la toma de la ubicación del reporte de exones e intrones para el diseño de cebadores. También pueden obtenerse las secuencias en si mismas.
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