Package: gff2aplot (2.0-5)

gráficos de alineación medidos por parejas para sequencias genómicas en PostScript

Un programa para visualizar la alineación de dos secuencias genómicas junto con sus anotaciones. Produce figuras en formato PostScript de esas alineaciones a partir de archivos GFF. La siguiente es una lista de muchas funcionalidades de gff2aplot:

  * Variados y completos gráficos de alineación de cualquier característica
    de GFF. Los atributos se definen por separado para que se puedan
    modificar independientemente para un archivo dado o compartir las
    mismas modificaciones entre varias páginas de datos.
  * Todos los parámetros vienen predeterminados dentro del programa, pero
    también se pueden utilizar archivos de personalización muy flexibles
    con formato similar a gff2ps. Se pueden utilizar varios de éstos
    archivos, sumando todas las configuraciones antes de generar la figura
    correspondiente. Es más, todos los parámetros se pueden cambiar desde
    la línea de órdenes, permitiendo al usuario experimentar con ellas
    antes de agregarlas a un archivo de configuración.
  * El orden de fuentes se obtiene de los archivos de origen; si se cambia
    el orden de los archivos se puede visualizar la alineación y sus
    anotaciones en el nuevo orden.
  * Todas las puntuaciones de alineación se pueden ver en una caja
    bajo el área de gff2aplot, utilizando una escala de grises, un color
    definido por el usuario o gradientes que dependan de la puntuación.
  * Tipografías escalables, que también se pueden elegir entre las
    tipografías básicas predeterminadas de PostScripts. Etiquetas de grupos
    o atributos se pueden rotar para mejorar la legibilidad en ambos ejes.
  * El programa está definido como un filtro Unix por lo que puede manejar
    datos de archivos, redirecciones y tuberías; escribir su salida a la
    salida estándar y los errores a la salida de errores estándar.
  * gff2aplot es capaz de manejar muchos tamaños de página física (desde A0
    a A10 y más, véanse los tamaños disponibles en el manual), incluyendo
    aquellos definidos por el usuario. Ésto permite, por ejemplo, la
    generación de mapas genómicos en tamaños de cartel o el uso de un
    dispositivo de impresión con papel continuo tanto en su orientación
    normal como apaisado.
  * Se pueden dibujar diferentes alineaciones en el mismo gráfico y
    distinguirlas utilizando diferentes colores para cada una.
  * El diccionario de formas se ha expandido, por lo que hay más formas
    disponibles (ver manual).
  * Las proyecciones de las anotaciones a través de los gráficos de
    alineación (llamados lazos) emulan transparencias mediante patrones de
    relleno con colores complementarios. Esto permite mostrar colores
    pseudomezclados cuando se superponen lazos verticales y horizontales.

Tags: Field: Biology, Implemented in: Perl, User Interface: Command Shell, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion, Works with: Text, Supports Format: PostScript