Paket: sim4 (0.0.20030921-3)

[ Quellcode: sim4  ]

Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA

sim4 ist ein ähnlichkeits-basiertes Werkzeug und erstellt Alignments von exprimierten DNA-Sequenzen (EST, cDNA, mRNA) mit den genomischen Sequenzen des jeweiligen Gens. Das Programm entdeckt und paart Sequenzen, wenn die zwei Eingabesequenzen an einem Ende überlappen (z.B. wenn der Anfang der einen Sequenz mit dem Ende der Anderen überlappt).

sim4 setzt eine auf »Blast« basierende Technik ein, um die passenden Blöcke, die die »exon cores« darstellen, zu ermitteln. In der ersten Phase werden alle möglichen exakten Paare von W-meren (z.B. DNA-Wörter der Länge W) zwischen den zwei Sequenzen ermittelt und diese zu maximalen Gap-freien Segmenten erweitert. In der zweiten Phase werden die »exon cores« zu benachbarten, noch ungepaarten Fragmenten erweitert. Dabei werden auf der Suche nach der besten Übereinstimmung verschiedene »greedy«-Näherungsalgorithmen und Heuristiken genutzt, um Strukturen an die splice-site-Erkennungssignale (GT-AG, CT-AC) anzupassen. Falls notwendig, wird der Prozess mit weniger strengen Parametern für die ungepaarten Fragmente wiederholt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, use::searching, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andere Pakete mit Bezug zu sim4

• dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]

  dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht armhf, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	53,4 kB	144,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	52,8 kB	140,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	46,1 kB	100,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	48,8 kB	132,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64	75,8 kB	220,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64	54,1 kB	122,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-i386	49,1 kB	110,0 kB	[Liste der Dateien]
mips	55,2 kB	160,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	55,9 kB	164,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	53,5 kB	144,0 kB	[Liste der Dateien]
s390	51,4 kB	140,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	57,6 kB	145,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc	49,2 kB	136,0 kB	[Liste der Dateien]