Package: bowtie (0.12.7-3)

[ Source: bowtie  ]

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

Dieses Paket beschäftigt sich mit dem Problem die Resultate der neuesten (2010) DNA-Sequenziertechniken zu interpretieren. Diese Techniken ergeben ziemlich kurze Sequenzen, die nicht direkt interpretiert werden können. Es ist die Aufgabe für Werkzeuge wie Bowtie den chromosomalen Ort (Locus) der kurzen DNA-Sequenzen festzustellen.

Bowtie führt Alignments kurzer DNA-Sequenzen (Reads) mit dem menschlichen Genom durch, mit einer Rate von über 25 Millionen Reads (mit einer Länge von 35 Basenpaaren) pro Stunde. Bowtie indiziert das Genom mit einer Burrows-Wheeler-Transformation, um den Speicherverbrauch gering zu halten; normalerweise etwa 2,2 GB für das menschliche Genom (2,9 GB für »paired- end«).

Tags: Field: Biology, Implemented in: C++, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to bowtie

• dep: libc6 (>= 2.6)

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 4.4.0)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

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