Paket: kalign (1:2.03+20110620-2)

[ Quellcode: kalign  ]

Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

Das Befehlszeilenwerkzeug Kalign gleicht mehrere biologische Sequenzen ab. Für die Erhöhung von Präzision und Geschwindigkeit nutzt es den Muth-Manber-Algorithmus, der in großen Datenmengen sich wiederholende Muster ermittelt. Das Programm verwendet einen globalen, fortschreitenden Alignment-Ansatz, ergänzt durch den Einsatz eines annähernden Musterabgleich-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch die Einbeziehung lokaler Übereinstimmungen in ein ansonsten globales Alignment.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Nukleinsäuren, biology::peptidic, field::biology, Feld: Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu kalign

• dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3) [amd64, i386, mips, mipsel]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, powerpc, s390]

  dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]

• dep: libc6.1 (>= 2.3) [ia64]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	92,6 kB	244,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	87,4 kB	227,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	71,6 kB	168,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	76,6 kB	217,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64	163,5 kB	503,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64	92,6 kB	206,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-i386	76,5 kB	178,0 kB	[Liste der Dateien]
mips	81,8 kB	228,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	82,2 kB	228,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	83,7 kB	219,0 kB	[Liste der Dateien]
s390	82,8 kB	221,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	98,8 kB	260,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc	76,9 kB	211,0 kB	[Liste der Dateien]