Paket: boxshade (3.3.1-6)

[ Quellcode: boxshade  ]

Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

Boxshade erstellt gut aussehende Darstellungen von Alignments von Protein- oder DNA-Sequenzen. Das Programm alignt die Sequenzen nicht selbst, sondern benötigt als Eingabe eine Datei, die automatisch von einem Programm für Multiple Alignments oder manuell mit einem Alignment-Editor erstellt wurde.

Boxshade liest Alignments in den Formaten PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data und ESEE-save (bis zu 150 Sequenzen von maximal je 10000 Elementen). Verschiedene Regeln für die Schattierung und Färbung werden angeboten, um biochemische Ähnlichkeiten der Seitenketten in den Spalten zu reflektieren. Die Ausgabe erfolgt auf den Bildschirm oder in eine Datei. Angeboten werden die Formate ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT und HTML.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Nukleinsäuren, biology::peptidic, field::biology, Feld: Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: scope::utility, use::typesetting, Unterstützt Formate: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu boxshade

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [nicht ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [ia64]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• sug: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

  oder clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

  oder mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

  oder hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX supplementary packages

• sug: xfig

  Vektororientiertes Zeichenprogramm für X11

boxshade herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	52,1 kB	165,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	53,4 kB	163,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	47,7 kB	147,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	48,8 kB	160,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64	68,2 kB	258,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64	52,3 kB	119,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-i386	48,6 kB	114,0 kB	[Liste der Dateien]
mips	48,6 kB	176,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	49,1 kB	176,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	50,7 kB	167,0 kB	[Liste der Dateien]
s390	53,8 kB	171,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	55,8 kB	179,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc	49,1 kB	163,0 kB	[Liste der Dateien]