Package: poa (2.0+20060928-2)

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Homepage [www.bioinformatics.ucla.edu]

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»Partial Order Alignment« für multiple Sequenzalignments

POA ist »Partial Order Alignment«, ein schnelles Programm für multiple Sequenzalignments (MSA) in der Bioinformatik. Seine Vorzüge sind Geschwindigkeit, Skalierbarkeit, Empfindlichkeit und die überragende Fähigkeit, Verzweigungen / Indels im Alignment handzuhaben. Partial Order Alignment ist ein Ansatz für MSAs, der mit bereits existierenden Methoden, wie progressive Alignments, kombiniert werden kann. POA alignt optimal ein Paar von MSAs und kann daher direkt auf progressive Alignmentmethoden wie CLUSTAL angewendet werden. Für große Alignments ist Progressive POA 10 bis 30mal schneller als CLUSTALW. POA wurde veröffentlicht in Bioinformatics. 2004 Jul 10;20(10):1546-1556.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

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