Paket: molphy (2.3b3-5) [non-free]

[ Quellcode: molphy  ]

Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language)

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix

Utilities (Perl)

 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Analyse, Vergleichen

Andere Pakete mit Bezug zu molphy

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht ia64]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  Die »Embedded GNU C Library«: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	276,1 kB	876,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	307,2 kB	912,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	236,0 kB	816,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64	410,4 kB	1.432,0 kB	[Liste der Dateien]
mips	310,4 kB	1.024,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	311,2 kB	984,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	299,7 kB	908,0 kB	[Liste der Dateien]
s390	268,2 kB	856,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc	268,5 kB	840,0 kB	[Liste der Dateien]