Paket: dialign-tx (1.0.2-1)

Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

DIALIGN-TX ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrere Protein- oder DNA-Sequenzen aneinander auszurichten (»zu alignen«). Es handelt sich um eine vollständige Reimplementation des segmentbasierten Ansatzes, einschließlich einiger neuer Verbesserungen und Heuristiken und anderer Verbesserungen, die im Vergleich mit DIALIGN 2.2 oder DIALIGN-T deutlich die Qualität der ermittelten Alignments erhöht. Für paarweise Alignments nutzt DIALIGN-TX einen Algorithmus zur Verkettung von Fragmenten, der Ketten niedrig bewerteter lokaler Alignments den isolierten höher bewerteten Fragmenten vorzieht. Für multiple Alignments nutzt DIALIGN-TX eine verbesserte, erfolgshungrige Prozedur, die nicht auf falsche lokale Sequenzähnlichkeiten hereinfällt.

DIALIGN-TX wurde publiziert in Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text