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[ Quellcode: tree-puzzle  ]

Paket: tree-ppuzzle (5.2-6 und andere)

Parallelisierte Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

TREE-PUZZLE (früher PUZZLE) ist ein interaktives Konsolenprogramm, das einen schnellen Suchalgorithmus über einen Baum, sogenanntes »Quartet Puzzling«, implementiert. Es erlaubt die Analyse großer Datenmengen und trifft automatisch Entscheidungen über die Anordnung der jeweiligen Verzweigungen. Weiterhin berechnet TREE-PUZZLE mittels der paarweisen Maximum-Likelihood-Methode Abstände und Längen von Verzweigungen für vom Benutzer definierte Bäume. Die Längen der Verzweigungen können auch unter der »Clock-Assumption« berechnet werden. Außerdem bietet TREE-PUZZLE eine neue Methode, das »Likelihood Mapping«, um die Anordnung einer hypothetischen internen Verzweigung zu untersuchen, ohne den gesamten Baum zu berechnen und um den phylogenetischen Zusammenhang eines Sequenzalignments anzuzeigen.

Dies ist eine parallelisierte Version von tree-puzzle.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Analyse, Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu tree-ppuzzle

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: lam-runtime [armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    LAM runtime environment for executing parallel programs
  • dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.4) [armel, mips, mipsel, s390]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5) [avr32, hppa]
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7) [amd64, i386, powerpc, sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: liblam4 [armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    Shared libraries used by LAM parallel programs
  • dep: libopenmpi1.3 [nicht armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    high performance message passing library -- shared library
  • dep: libsprng2
    The SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package
  • dep: openmpi-bin [nicht armel, avr32, hppa, m68k, mips, mipsel, s390]
    high performance message passing library -- binaries
  • rec: tree-puzzle-doc
    Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
  • sug: phylip
    package of programs for inferring phylogenies
  • sug: treetool
    Paket nicht verfügbar

tree-ppuzzle herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Version Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 5.2-6 190,8 kB484 kB [Liste der Dateien]
amd64 5.2-6 174,1 kB412 kB [Liste der Dateien]
armel 5.2-5 169,3 kB400 kB [Liste der Dateien]
avr32 (inoffizielle Portierung) 5.2-5 161,2 kB332 kB [Liste der Dateien]
hppa 5.2-5 172,4 kB396 kB [Liste der Dateien]
i386 5.2-6 154,6 kB384 kB [Liste der Dateien]
ia64 5.2-6 254,9 kB776 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 5.2-6 173,7 kB386 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 5.2-6 154,9 kB370 kB [Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung) 5.2-5 126,9 kB352 kB [Liste der Dateien]
mips 5.2-5 181,8 kB484 kB [Liste der Dateien]
mipsel 5.2-5 180,9 kB484 kB [Liste der Dateien]
powerpc 5.2-6 184,2 kB424 kB [Liste der Dateien]
s390 5.2-5 157,0 kB372 kB [Liste der Dateien]
sparc 5.2-6 168,1 kB400 kB [Liste der Dateien]