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[ Quellcode: sigma-align  ]

Paket: sigma-align (1.1.1-3)

Einfaches Greedy-Alignment von nichtkodierenden DNA-Sequenzen

Sigma (»Simple greedy multiple alignment«) ist ein Alignmentprogramm mit einem neuen Algorithmus und Beurteilungsschema, das speziell für nichtkodierende DNS-Sequenzen entwickelt wurde. Sigma verwendet für die Suche nach dem bestmöglichen unterbrechungsfreien lokalen Alignment eine Strategie, bei der in jedem Schritt das bestmögliche Alignment erstellt wird, das mit existierenden Alignments konsistent ist, und beurteilt die Signifikanz des Alignments basierend auf der Länge des alignten Fragments und des Hintergrundmodells, das bereitgestellt oder aus einer externen Datei von intergenetischer DNS geschätzt werden kann.

Sigma wurde in BMC Bioinformatics. 2006 Mar 16;7:143 veröffentlicht.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: OCaml, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Scope: Hilfswerkzeug, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu sigma-align

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  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0)
    Die GLib-Bibliothek mit C-Routinen

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Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 24,6 kB112 kB [Liste der Dateien]
amd64 22,7 kB108 kB [Liste der Dateien]
arm 21,3 kB100 kB [Liste der Dateien]
armel 23,8 kB108 kB [Liste der Dateien]
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i386 21,0 kB100 kB [Liste der Dateien]
ia64 30,3 kB136 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 (inoffizielle Portierung) 22,7 kB72 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 (inoffizielle Portierung) 20,9 kB66 kB [Liste der Dateien]
m68k 20,4 kB100 kB [Liste der Dateien]
mips 23,4 kB112 kB [Liste der Dateien]
mipsel 23,7 kB112 kB [Liste der Dateien]
powerpc 25,1 kB112 kB [Liste der Dateien]
s390 22,3 kB104 kB [Liste der Dateien]
sparc 21,3 kB104 kB [Liste der Dateien]