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[ Quellcode: sibsim4  ]

Paket: sibsim4 (0.17-1)

Richtet exprimierte RNA-Sequenzen an einer DNA-Vorlage aus

Das SIBsim4-Projekt basiert auf sim4, einem Programm, das entwickelt wurde, um eine exprimierte DNA-Sequenz mit einer genomischen Sequenz abzustimmen um Intronen zu erlauben. SIBsim4 ist eine recht umfangreiche Neuerstellung des ursprünglichen Codes mit den folgenden Zielen: 

 * Geschwindigkeitsverbesserung;
 * Einsetzbarkeit auf großen (Größenordnung von Chromosomen)
   DNA-Sequenzen;
 * detailliertere Ausgabe über Spleiß-Typen;
 * detailliertere Ausgabe über Poly(A)-Schwänze;
 * verschiedene Aufräumarbeiten und Verbesserungen des Codes.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Vergleichen, Suchen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu sibsim4

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

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Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 37,2 kB116 kB [Liste der Dateien]
amd64 32,0 kB104 kB [Liste der Dateien]
armel 32,9 kB104 kB [Liste der Dateien]
avr32 (inoffizielle Portierung) 34,0 kB92 kB [Liste der Dateien]
hppa 33,6 kB104 kB [Liste der Dateien]
hurd-i386 29,9 kB96 kB [Liste der Dateien]
i386 30,4 kB96 kB [Liste der Dateien]
ia64 47,3 kB152 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 33,2 kB80 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 31,3 kB72 kB [Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung) 27,6 kB92 kB [Liste der Dateien]
mips 34,2 kB112 kB [Liste der Dateien]
mipsel 34,2 kB112 kB [Liste der Dateien]
powerpc 33,9 kB108 kB [Liste der Dateien]
s390 33,7 kB104 kB [Liste der Dateien]
sparc 31,2 kB104 kB [Liste der Dateien]