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[ Quellcode: seaview  ]

Paket: seaview (1:4.2-1 und andere) [non-free]

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal W for multiple sequence alignment, and also allows to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.

Andere Pakete mit Bezug zu seaview

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 [powerpc]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3) [amd64, hppa, i386]
    dep: libc6 (>= 2.4) [s390]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [armel, mips, mipsel]
  • dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]
  • dep: libfltk1.1 (>= 1.1.6)
    Fast Light Toolkit - shared libraries
  • dep: libfontconfig1 (>= 2.4.0) [nicht armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Generische-Schrift-Konfigurationsbibliothek (Laufzeitbibliothek)
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [nicht armel, hppa, hurd-i386]
    GCC Support-Bibliothek
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [armel]
    dep: libgcc1 (>= 4.2.1) [hurd-i386]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libjpeg62
    Die JPEG Laufzeitbibliothek der Independent JPEG Group
  • dep: libpng12-0 (>= 1.2.13-4)
    PNG-Bibliothek - Laufzeitumgebung
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [nicht armel]
    Die GNU stdc++-Bibliothek (Version 3)
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit
  • dep: libx11-6
    Clientseitige X11-Bibliothek
  • dep: libxext6 [nicht armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    X11-Bibliothek für verschiedene Erweiterungen
  • dep: libxft2 (>> 2.1.1) [nicht armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    FreeType-basierte Bibliothek zum Zeichnen von Schrift unter X
  • dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
    Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
  • rec: clustalw [nicht armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
  • rec: muscle [nicht armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen
  • rec: phyml [nicht armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
  • rec: xterm [armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    X-Terminal-Emulator
  • sug: clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
  • sug: muscle
    Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

seaview herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Version Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 1:4.2-1 313,9 kB828 kB [Liste der Dateien]
amd64 1:4.2-1 264,9 kB684 kB [Liste der Dateien]
armel 1:3.2-1 170,3 kB464 kB [Liste der Dateien]
hppa 1:4.2-1 288,3 kB700 kB [Liste der Dateien]
hurd-i386 1:3.2-1 177,3 kB480 kB [Liste der Dateien]
i386 1:4.2-1 247,0 kB648 kB [Liste der Dateien]
ia64 1:3.2-1 261,8 kB768 kB [Liste der Dateien]
mips 1:3.2-1 190,2 kB576 kB [Liste der Dateien]
mipsel 1:3.2-1 190,1 kB576 kB [Liste der Dateien]
powerpc 1:4.1-1 274,5 kB712 kB [Liste der Dateien]
s390 1:4.2-1 263,5 kB672 kB [Liste der Dateien]
sparc 1:4.2-1 248,1 kB648 kB [Liste der Dateien]