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[ Quellcode: probcons  ]

Paket: probcons (1.12-4)

Probabilistisches Konsistenz-basierendes multiples Sequenzalignment

Werkzeug, um multiple Alignments von Proteinsequenzen zu erstellen. Unter Verwendung einer Kombination von Wahrscheinlichkeits-Modellierung und Konsistenz-basierenden Alignmenttechniken hat PROBCONS heute die höchste Genauigkeit aller Alignmethoden erreicht. In der BAliBASE-Alignment-Benchmark-Datenbank zeigen die von PROBCONS erstellten Alignments statistisch signifikante Verbesserungen gegenüber aktuellen Programmen auf. Sie enthalten im Schnitt 7 % mehr an korrekt ausgerichteten Spalten als T-Coffee, 11 % mehr an korrekt ausgerichteten Spalten als CLUSTAL W und 14 % mehr an korrekt ausgerichteten Spalten als DIALIGN. Probcons wurde veröffentlicht in Do, C.B., Mahabhashyam, M.S.P., Brudno, M., and Batzoglou, S. 2005. Genome Research 15: 330-340.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Scope: Hilfswerkzeug, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu probcons

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.6.1-1) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-21) [alpha, amd64, i386, mips, mipsel, sparc]
    GCC Support-Bibliothek
    dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [arm, armel, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, powerpc, s390]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libgcc4 (>= 4.2.1) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [nicht alpha, amd64, i386, mips, mipsel, sparc]
    Die GNU stdc++-Bibliothek (Version 3)
    dep: libstdc++6 (>= 4.2.1-4) [alpha, amd64, i386, mips, mipsel, sparc]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit

probcons herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 231,0 kB484 kB [Liste der Dateien]
amd64 180,8 kB428 kB [Liste der Dateien]
arm 202,5 kB448 kB [Liste der Dateien]
armel 177,5 kB404 kB [Liste der Dateien]
hppa 222,7 kB440 kB [Liste der Dateien]
hurd-i386 152,1 kB384 kB [Liste der Dateien]
i386 155,1 kB384 kB [Liste der Dateien]
ia64 317,3 kB768 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 (inoffizielle Portierung) 180,9 kB388 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 (inoffizielle Portierung) 153,4 kB350 kB [Liste der Dateien]
m68k 149,4 kB336 kB [Liste der Dateien]
mips 221,4 kB528 kB [Liste der Dateien]
mipsel 223,0 kB528 kB [Liste der Dateien]
powerpc 211,6 kB428 kB [Liste der Dateien]
s390 172,3 kB412 kB [Liste der Dateien]
sparc 181,6 kB428 kB [Liste der Dateien]