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[ Quellcode: poa  ]

Paket: poa (2.0+20060928-2)

»Partial Order Alignment« für multiple Sequenzalignments

POA ist »Partial Order Alignment«, ein schnelles Programm für multiple Sequenzalignments (MSA) in der Bioinformatik. Seine Vorzüge sind Geschwindigkeit, Skalierbarkeit, Empfindlichkeit und die überragende Fähigkeit, Verzweigungen / Indels im Alignment handzuhaben. Partial Order Alignment ist ein Ansatz für MSAs, der mit bereits existierenden Methoden, wie progressive Alignments, kombiniert werden kann. POA alignt optimal ein Paar von MSAs und kann daher direkt auf progressive Alignmentmethoden wie CLUSTAL angewendet werden. Für große Alignments ist Progressive POA 10 bis 30mal schneller als CLUSTALW. POA wurde veröffentlicht in Bioinformatics. 2004 Jul 10;20(10):1546-1556.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu poa

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • sug: blast2
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poa herunterladen

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Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 51,2 kB228 kB [Liste der Dateien]
amd64 49,0 kB196 kB [Liste der Dateien]
armel 52,1 kB204 kB [Liste der Dateien]
avr32 (inoffizielle Portierung) 46,6 kB184 kB [Liste der Dateien]
hppa 48,0 kB212 kB [Liste der Dateien]
hurd-i386 44,1 kB180 kB [Liste der Dateien]
i386 44,1 kB184 kB [Liste der Dateien]
ia64 69,8 kB368 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 49,1 kB150 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 43,9 kB136 kB [Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung) 40,6 kB176 kB [Liste der Dateien]
mips 48,0 kB252 kB [Liste der Dateien]
mipsel 49,2 kB260 kB [Liste der Dateien]
powerpc 46,5 kB208 kB [Liste der Dateien]
s390 51,8 kB208 kB [Liste der Dateien]
sparc 45,7 kB216 kB [Liste der Dateien]