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[ Quellcode: kalign  ]

Paket: kalign (2.04-2 und andere)

Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

Das Befehlszeilenwerkzeug Kalign gleicht mehrere biologische Sequenzen ab. Für die Erhöhung von Präzision und Geschwindigkeit nutzt es den Muth-Manber-Algorithmus, der in großen Datenmengen sich wiederholende Muster ermittelt. Das Programm verwendet einen globalen, fortschreitenden Alignment-Ansatz, ergänzt durch den Einsatz eines annähernden Musterabgleich-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch die Einbeziehung lokaler Übereinstimmungen in ein ansonsten globales Alignment.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nukleinsäuren, Proteine, Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu kalign

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  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.9) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.3) [amd64, hppa, i386, mips, mipsel]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.4) [armel, powerpc, s390]
    dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3) [ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

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Architektur Version Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 2.04-2 103,9 kB316 kB [Liste der Dateien]
amd64 2.04-2 98,9 kB288 kB [Liste der Dateien]
armel 2.04-2 104,5 kB284 kB [Liste der Dateien]
avr32 (inoffizielle Portierung) 2.04-2 100,1 kB216 kB [Liste der Dateien]
hppa 2.04-2 93,7 kB264 kB [Liste der Dateien]
hurd-i386 2.04-2 85,9 kB264 kB [Liste der Dateien]
i386 2.04-2 85,7 kB264 kB [Liste der Dateien]
ia64 2.04-2 152,8 kB532 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 2.04-2 98,8 kB276 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 2.04-2 85,9 kB228 kB [Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung) 2.04-1 70,1 kB228 kB [Liste der Dateien]
mips 2.04-2 91,4 kB308 kB [Liste der Dateien]
mipsel 2.04-2 92,1 kB308 kB [Liste der Dateien]
powerpc 2.04-2 94,3 kB280 kB [Liste der Dateien]
s390 2.04-2 93,7 kB268 kB [Liste der Dateien]
sparc 2.04-2 81,9 kB256 kB [Liste der Dateien]