Paket: hmmer (2.3.2-5 und andere)

Links für hmmer

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket hmmer herunterladen:

Betreuer:

Debian-Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Matthew Vernon (QS-Seite)
Nelson A. de Oliveira (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Charles Plessy (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [hmmer.janelia.org]

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

HMMER ist eine Implementierung der Profile-Hidden-Markov-Modelle für eine sensitive Suche in biologischen Sequenzdatenbanken mit multiplen Sequenzalignments als Anfragen.

Mit einem multiplen Sequenzalignment als Eingabe baut HMMER ein statistisches Modell, genannt »Hidden-Markov-Modell«. Mit diesem kann in Sequenzdatenbanken nach homologen Sequenzen gesucht werden. Dabei können gleichzeitig, der gesuchten Proteinfamilie zugehörige, Sequenzen alignt werden.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Proteine, Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Scope: Hilfswerkzeug, Zweck: Suchen, Arbeitet mit: Datenbanken, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu hmmer

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
dep: libc0.3 (>= 2.2.4-4) [hurd-i386]

GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]

GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]

GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
dep: libpvm3 [nicht hurd-i386]

Parallel Virtual Machine - Shared Libraries

rec: biosquid

Hilfsprogramme für die biologische Sequenzanalyse

sug: hmmer-doc (>= 2.3.2-5)

profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)
sug: hmmer-pvm (>= 2.3.2-5)

HMMER programs with PVM (Parallel Virtual Machine) support

hmmer herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha	2.3.2-5	1 345,2 kB	3080 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.3.2-5	1 191,2 kB	2512 kB	[Liste der Dateien]
arm	2.3.2-5	1 052,8 kB	2015 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.3.2-5	1 120,2 kB	2280 kB	[Liste der Dateien]
hppa	2.3.2-5	1 216,0 kB	2344 kB	[Liste der Dateien]
hurd-i386	2.1.4	1 589,9 kB	6872 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.3.2-5	1 075,6 kB	2264 kB	[Liste der Dateien]
ia64	2.3.2-5	1 916,9 kB	5340 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 (inoffizielle Portierung)	2.3.2-5	1 191,4 kB	2618 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 (inoffizielle Portierung)	2.3.2-5	1 060,4 kB	2346 kB	[Liste der Dateien]
m68k	2.3.2-5	905,1 kB	2080 kB	[Liste der Dateien]
mips	2.3.2-5	1 225,8 kB	3052 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	2.3.2-5	1 230,7 kB	3052 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	2.3.2-5	1 214,9 kB	2588 kB	[Liste der Dateien]
s390	2.3.2-5	1 139,9 kB	2368 kB	[Liste der Dateien]
sparc	2.3.2-5	1 069,2 kB	2272 kB	[Liste der Dateien]