Paket: hmmer (3.0-3 und andere)

[ Quellcode: hmmer  ]

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

HMMER ist eine Implementierung der Profile-Hidden-Markov-Modelle für eine sensitive Suche in biologischen Sequenzdatenbanken mit multiplen Sequenzalignments als Anfragen.

Mit einem multiplen Sequenzalignment als Eingabe baut HMMER ein statistisches Modell, genannt »Hidden-Markov-Modell«. Mit diesem kann in Sequenzdatenbanken nach homologen Sequenzen gesucht werden. Dabei können gleichzeitig, der gesuchten Proteinfamilie zugehörige, Sequenzen alignt werden.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Proteine, Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Suchen, Arbeitet mit: Datenbanken, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu hmmer

• dep: hurd [hurd-i386]

  GNU Hurd
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch hurd-udeb

• dep: libc0.1 (>= 2.3.2) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Embedded GNU C Library: Shared libraries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb

• dep: libc0.3 (>= 2.11) [hurd-i386]

  Embedded GNU C Library: Shared libraries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa, powerpcspe, sh4]

  Embedded GNU C Library: Shared libraries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  dep: libc6 (>= 2.3.2) [amd64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.3.6-6~) [i386]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, mips, mipsel, powerpc, s390]

  dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]

• dep: libc6.1 (>= 2.3.2) [ia64]

  Embedded GNU C Library: Shared libraries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel, armhf]

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• dep: libpvm3 [m68k]

  Parallel Virtual Machine - shared libraries

• rec: biosquid

  Hilfsprogramme für die biologische Sequenzanalyse

• sug: hmmer-doc (>= 2.3.2-5) [m68k]

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

  sug: hmmer-doc (>= 3.0-3) [nicht m68k]

• sug: hmmer-pvm (>= 2.3.2-5) [m68k]

  HMMER mit Unterstützung für PVM (Parallel Virtual Machine)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha	3.0-3	2.251,2 kB	5.360,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.0-3	2.164,3 kB	4.604,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.0-3	1.916,3 kB	4.016,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.0-3	1.651,4 kB	2.634,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa	3.0-3	2.061,7 kB	4.172,0 kB	[Liste der Dateien]
hurd-i386	3.0-3	1.997,2 kB	4.308,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.0-3	1.995,0 kB	4.308,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64	3.0-3	3.124,3 kB	9.160,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64	3.0-3	2.162,5 kB	4.814,0 kB	[Liste der Dateien]
kfreebsd-i386	3.0-3	1.996,4 kB	4.478,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.3.2-5	905,1 kB	2.080,0 kB	[Liste der Dateien]
mips	3.0-3	2.095,4 kB	5.348,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	3.0-3	2.108,8 kB	5.360,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	3.0-3	1.992,4 kB	4.496,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpcspe (inoffizielle Portierung)	3.0-3	2.027,9 kB	4.380,0 kB	[Liste der Dateien]
s390	3.0-3	1.959,9 kB	4.184,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	3.0-3	2.032,8 kB	4.585,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.0-3	2.074,9 kB	4.036,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc	3.0-3	1.833,3 kB	4.028,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.0-3	1.835,2 kB	4.008,0 kB	[Liste der Dateien]