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[ Quellcode: dialign-t  ]

Paket: dialign-tx (1.0.2-1)

Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

DIALIGN-TX ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrere Protein- oder DNA-Sequenzen aneinander auszurichten (»zu alignen«). Es handelt sich um eine vollständige Reimplementation des segmentbasierten Ansatzes, einschließlich einiger neuer Verbesserungen und Heuristiken und anderer Verbesserungen, die im Vergleich mit DIALIGN 2.2 oder DIALIGN-T deutlich die Qualität der ermittelten Alignments erhöht. Für paarweise Alignments nutzt DIALIGN-TX einen Algorithmus zur Verkettung von Fragmenten, der Ketten niedrig bewerteter lokaler Alignments den isolierten höher bewerteten Fragmenten vorzieht. Für multiple Alignments nutzt DIALIGN-TX eine verbesserte, erfolgshungrige Prozedur, die nicht auf falsche lokale Sequenzähnlichkeiten hereinfällt.

DIALIGN-TX wurde publiziert in Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu dialign-tx

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  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-1)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

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Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 65,0 kB192 kB [Liste der Dateien]
amd64 56,4 kB164 kB [Liste der Dateien]
armel 57,7 kB160 kB [Liste der Dateien]
avr32 (inoffizielle Portierung) 61,5 kB160 kB [Liste der Dateien]
hppa 59,2 kB156 kB [Liste der Dateien]
hurd-i386 50,8 kB152 kB [Liste der Dateien]
i386 51,4 kB152 kB [Liste der Dateien]
ia64 82,7 kB288 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-amd64 56,4 kB134 kB [Liste der Dateien]
kfreebsd-i386 51,3 kB122 kB [Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung) 44,2 kB148 kB [Liste der Dateien]
mips 57,5 kB184 kB [Liste der Dateien]
mipsel 57,7 kB184 kB [Liste der Dateien]
powerpc 59,3 kB164 kB [Liste der Dateien]
s390 55,3 kB156 kB [Liste der Dateien]
sparc 55,5 kB164 kB [Liste der Dateien]