[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Quellcode: clustalw  ]

Paket: clustalw (2.0.12-1 und andere) [non-free]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nukleinsäuren, Proteine, Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Text-basiert interaktiv, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu clustalw

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
    dep: libc6 (>= 2.2.5) [amd64]
    dep: libc6 (>= 2.4) [armel, s390]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [mips, mipsel, powerpc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.2) [ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [nicht armel, hppa]
    GCC Support-Bibliothek
    dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [nicht armel]
    Die GNU stdc++-Bibliothek (Version 3)
    dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [armel]
  • dep: libunwind7 [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit
  • sug: clustalx
    Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
  • sug: seaview
    Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

clustalw herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Version Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 2.0.12-1 368,9 kB1064 kB [Liste der Dateien]
amd64 2.0.12-1 332,7 kB880 kB [Liste der Dateien]
armel 2.0.12-1 320,4 kB804 kB [Liste der Dateien]
hppa 2.0.12-1 373,9 kB900 kB [Liste der Dateien]
i386 2.0.12-1 318,4 kB852 kB [Liste der Dateien]
ia64 2.0.12-1 464,1 kB1532 kB [Liste der Dateien]
mips 2.0.10-1 330,3 kB1104 kB [Liste der Dateien]
mipsel 2.0.10-1 329,9 kB1040 kB [Liste der Dateien]
powerpc 2.0.10-1 336,5 kB876 kB [Liste der Dateien]
s390 2.0.12-1 318,9 kB832 kB [Liste der Dateien]
sparc 2.0.12-1 351,2 kB948 kB [Liste der Dateien]