[  sarge  ] [  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Quellcode: clustalw  ]

Paket: clustalw (2.0.9-1 und andere) [non-free]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

For details and citation purposes see paper "Clustal W and Clustal X version 2.0", Larkin M., et al. Bioinformatics 2007 23(21):2947-2948

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nukleinsäuren, Proteine, Feld: Bioinformatik, Implementiert in: C++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Text-basiert interaktiv, Rolle: Programm, Scope: Hilfswerkzeug, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu clustalw

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc6 (>= 2.3.1-1) [m68k]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, ia64, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [nicht arm, hppa, m68k]
    GCC Support-Bibliothek
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [nicht m68k]
    Die GNU stdc++-Bibliothek (Version 3)
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit
  • sug: clustalx
    GUI for Clustal W
  • sug: seaview
    Editor für Multiple Sequenzalignments

clustalw herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Version Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 2.0.9-1 345,6 kB1036 kB [Liste der Dateien]
amd64 2.0.9-1 320,2 kB852 kB [Liste der Dateien]
arm 2.0.9-1 367,2 kB904 kB [Liste der Dateien]
hppa 2.0.9-1 357,8 kB864 kB [Liste der Dateien]
i386 2.0.9-1 306,4 kB824 kB [Liste der Dateien]
ia64 2.0.9-1 446,0 kB1476 kB [Liste der Dateien]
m68k 1.83-1 147,2 kB364 kB [Liste der Dateien]
mips 2.0.9-1 322,4 kB1080 kB [Liste der Dateien]
mipsel 2.0.9-1 321,8 kB1080 kB [Liste der Dateien]
powerpc 2.0.9-1 327,6 kB856 kB [Liste der Dateien]
s390 2.0.9-1 303,9 kB804 kB [Liste der Dateien]
sparc 2.0.9-1 339,9 kB920 kB [Liste der Dateien]