Paket: bioperl-run (1.6.9-1)

[ Quellcode: bioperl-run  ]

BioPerl-Hüllen: Skripte

Enthält Skripte aus dem Paket BioPerl-Run. Dieses Paket installiert auch alle einhüllbaren Anwendungen, für die es Debian-Pakete gibt. Die nicht-freien Pakete werden von diesem Paket vorgeschlagen.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu bioperl-run

• dep: bioperl (>= 1.6.0)

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libbio-perl-run-perl (= 1.6.9-1)

  BioPerl wrappers: modules

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• rec: amap-align

  Multiple Alignments durch Sequenz-»annealing« bei Proteinen

• rec: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• rec: blast2

  Grundlegendes Suchwerkzeug für lokale Alignments

• rec: bowtie

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• rec: emboss

  Die europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie

• rec: exonerate

  Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich

• rec: hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: infernal

  Folgerung von Alignments der RNA-Sekundärstruktur

• rec: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

• rec: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: maq

  Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

• rec: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: primer3

  Programm für das Design von flankierenden Oligonukleotiden für die DNA-Vervielfältigung

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: samtools

  Verarbeitung von Sequenzalignments in den Formaten SAM und BAM

• rec: sim4

  Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA

• rec: t-coffee

  Multiples Sequenzalignment

• rec: tigr-glimmer

  Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien

• rec: wise

  Vergleich von Biopolymeren, üblicherweise Sequenzen von DNA und Proteinen

• sug: ensembl

  Paket nicht verfügbar

• sug: gmap

  spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

• sug: molphy

  Program Package for MOLecular PHYlogenetics

• sug: paml

  Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

bioperl-run herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	45,2 kB	144,0 kB	[Liste der Dateien]