Paket: boxshade (3.3.1-3)

[ Quellcode: boxshade  ]

Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

Boxshade erstellt gut aussehende Darstellungen von Alignments von Protein- oder DNA-Sequenzen. Das Programm alignt die Sequenzen nicht selbst, sondern benötigt als Eingabe eine Datei, die automatisch von einem Programm für Multiple Alignments oder manuell mit einem Alignment-Editor erstellt wurde.

Boxshade liest Alignments in den Formaten PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data und ESEE-save (bis zu 150 Sequenzen von maximal je 10000 Elementen). Verschiedene Regeln für die Schattierung und Färbung werden angeboten, um biochemische Ähnlichkeiten der Seitenketten in den Spalten zu reflektieren. Die Ausgabe erfolgt auf den Bildschirm oder in eine Datei. Angeboten werden die Formate ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT und HTML.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Nukleinsäuren, Proteine, Software-Entwicklung: Schöndruck, Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Schriftsatz, Unterstützt Formate: HTML, Hypertext Markup Language (Hypertext-Auszeichnungssprache), Reiner Text, PostScript, TeX und LaTeX

Andere Pakete mit Bezug zu boxshade

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• sug: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

  oder clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

  oder mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

  oder hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• sug: seaview

  Editor für Multiple Sequenzalignments

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX supplementary packages

• sug: xfig

  Vektororientiertes Zeichenprogramm für X11

boxshade herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha	54,8 kB	268,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	51,0 kB	244,0 kB	[Liste der Dateien]
arm	49,2 kB	236,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	51,4 kB	240,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa	53,1 kB	248,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	44,9 kB	232,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64	65,8 kB	332,0 kB	[Liste der Dateien]
mips	52,2 kB	284,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	52,4 kB	284,0 kB	[Liste der Dateien]
powerpc	50,5 kB	248,0 kB	[Liste der Dateien]
s390	51,6 kB	248,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc	48,2 kB	240,0 kB	[Liste der Dateien]