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[ Quellcode: boxshade  ]

Paket: boxshade (3.3.1-3)

Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

Boxshade erstellt gut aussehende Darstellungen von Alignments von Protein- oder DNA-Sequenzen. Das Programm alignt die Sequenzen nicht selbst, sondern benötigt als Eingabe eine Datei, die automatisch von einem Programm für Multiple Alignments oder manuell mit einem Alignment-Editor erstellt wurde.

Boxshade liest Alignments in den Formaten PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data und ESEE-save (bis zu 150 Sequenzen von maximal je 10000 Elementen). Verschiedene Regeln für die Schattierung und Färbung werden angeboten, um biochemische Ähnlichkeiten der Seitenketten in den Spalten zu reflektieren. Die Ausgabe erfolgt auf den Bildschirm oder in eine Datei. Angeboten werden die Formate ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT und HTML.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Nukleinsäuren, Proteine, Software-Entwicklung: Schöndruck, Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Schriftsatz, Unterstützt Formate: HTML, Hypertext Markup Language (Hypertext-Auszeichnungssprache), Reiner Text, PostScript, TeX und LaTeX

Andere Pakete mit Bezug zu boxshade

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • sug: kalign
    Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment
    oder clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
    oder mafft
    Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
    oder hmmer
    Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse
  • sug: seaview
    Editor für Multiple Sequenzalignments
  • sug: texlive-latex-extra
    TeX Live: LaTeX supplementary packages
  • sug: xfig
    Vektororientiertes Zeichenprogramm für X11

boxshade herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 54,8 kB268 kB [Liste der Dateien]
amd64 51,0 kB244 kB [Liste der Dateien]
arm 49,2 kB236 kB [Liste der Dateien]
armel 51,4 kB240 kB [Liste der Dateien]
hppa 53,1 kB248 kB [Liste der Dateien]
i386 44,9 kB232 kB [Liste der Dateien]
ia64 65,8 kB332 kB [Liste der Dateien]
mips 52,2 kB284 kB [Liste der Dateien]
mipsel 52,4 kB284 kB [Liste der Dateien]
powerpc 50,5 kB248 kB [Liste der Dateien]
s390 51,6 kB248 kB [Liste der Dateien]
sparc 48,2 kB240 kB [Liste der Dateien]