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[ Quellcode: amap-align  ]

Paket: amap-align (2.2-1)

Multiple Alignments durch Sequenz-»annealing« bei Proteinen

AMAP ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrfache Alignments von peptidischen Sequenzen durchzuführen. Es verwendet »Posterior-Dekodierung«, ein Alignment durch Sequenz-annealing, anstelle der traditionellen fortschreitenden Alignmentmethoden. Es ist das einzige Alignmentprogramm, das erlaubt, den Empfindlichkeit-/Genauigkeits-Kompromiss zu kontrollieren. Die Software basiert auf dem Quellcode von ProbCons, verwendet aber metrische Alignmentgenauigkeit (alignment metric accuracy) und beseitigt die Konsistenz-Transformation.

Das Java-Visualisierungswerkzeug von AMAP 2.2 ist noch nicht als Debian-Paket erstellt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: C++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Analyse, Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu amap-align

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc6 (>= 2.7-1) [nicht alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-21) [nicht arm, armel, hppa]
    GCC Support-Bibliothek
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1-21) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1-4) [nicht armel]
    Die GNU stdc++-Bibliothek (Version 3)
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 162,6 kB356 kB [Liste der Dateien]
amd64 135,6 kB324 kB [Liste der Dateien]
arm 143,5 kB273 kB [Liste der Dateien]
armel 130,7 kB304 kB [Liste der Dateien]
hppa 157,9 kB328 kB [Liste der Dateien]
i386 124,4 kB256 kB [Liste der Dateien]
ia64 222,6 kB568 kB [Liste der Dateien]
mips 155,7 kB384 kB [Liste der Dateien]
mipsel 156,4 kB384 kB [Liste der Dateien]
powerpc 149,5 kB316 kB [Liste der Dateien]
s390 125,1 kB304 kB [Liste der Dateien]
sparc 131,5 kB316 kB [Liste der Dateien]