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[ Quellcode: qtl  ]

Paket: r-cran-qtl (1.05-2-1)

GNU R package for genetic marker linkage analysis

R/qtl is an extensible, interactive environment for mapping quantitative trait loci (QTLs) in experimental crosses. It is implemented as an add-on-package for the freely available and widely used statistical language/software R (see http://www.r-project.org). The user will benefit from the seamless integration of the QTL mapping software into a general statistical analysis program.

The current version of R/qtl includes facilities for estimating genetic maps, identifying genotyping errors, and performing single-QTL genome scans and two-QTL, two-dimensional genome scans, by interval mapping (with EM algorithm), Haley-Knott regression, and multiple imputation. All of this may be done in the presence of covariates (such as sex, age or treatment). The fit of higher-order QTL models, with sophisticated techniques for model comparisons and model search, will be incorporated soon. 

  URL: http://www.biostat.jhsph.edu/~kbroman/qtl/index.html

Markierungen: Software-Entwicklung: GNU R-Entwicklung, Bibliotheken, Feld: Biologie, Statistik, Implementiert in: GNU R, Rolle: Anwendungsdaten, Anwendungs-Suite: GNU

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-qtl

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: atlas3-base [i386, s390]
    Automatisch optimierende Software für Lineare Algebra, gemeinsame Daten
    oder refblas3
    Basic Linear Algebra Subroutines 3, shared library
    oder libblas.so.3
    virtuelles Paket, bereitgestellt durch atlas3-2.0, atlas3-3dnow, atlas3-altivec, atlas3-base, atlas3-ev6, atlas3-sse, atlas3-sse2, atlas3-v9, refblas3
  • dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [nicht alpha, i386, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.6-6) [i386]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-12) [nicht hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1-12) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libgfortran1 (>= 4.1.1-12)
    Runtime library for GNU Fortran applications
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit
  • dep: r-base-core (>= 2.4.0)
    »GNU R« - Kern der Sprache und Umgebung für statistische Berechnungen

r-cran-qtl herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 1 063,6 kB3324 kB [Liste der Dateien]
amd64 1 057,2 kB3308 kB [Liste der Dateien]
arm 1 054,8 kB3284 kB [Liste der Dateien]
hppa 1 058,9 kB3300 kB [Liste der Dateien]
i386 1 055,0 kB3288 kB [Liste der Dateien]
ia64 1 090,9 kB3456 kB [Liste der Dateien]
mips 1 060,1 kB3320 kB [Liste der Dateien]
mipsel 1 059,0 kB3320 kB [Liste der Dateien]
powerpc 1 057,8 kB3300 kB [Liste der Dateien]
s390 1 055,8 kB3292 kB [Liste der Dateien]
sparc 1 055,0 kB3292 kB [Liste der Dateien]