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[ Quellcode: amap-align  ]

Paket: amap-align (2.0-1)

Multiple Alignments durch Sequenz »annealing« bei Proteinen

AMAP ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrfache Alignments von peptidischen Sequenzen durchzuführen. Es verwendet Posterior-Dekodierung, ein Sequenz-heilendes Alignment anstelle der traditionellen fortschreitenden Alignment-Methoden. Es ist das einzige Alignment-Programm, das erlaubt, den Empfindlichkeit-/Genauigkeits-Kompromiss zu kontrollieren. Es basiert auf dem Quellcode von ProbCons, verwendet aber metrische Alignment-Genauigkeit (alignment metric accuracy) und beseitigt die Konsistenz-Transformation. 

 Webseite: http://bio.math.berkeley.edu/amap/

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Scope: Hilfswerkzeug, Unterstützt Formate: Reiner Text

Andere Pakete mit Bezug zu amap-align

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
  • dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [nicht alpha, i386, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.6-6) [i386]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [alpha, ia64]
    GNU C-Bibliothek: Dynamische Bibliotheken
    auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.0) [nicht hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.0) [hppa]
    GCC Support-Bibliothek
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.0)
    Die GNU stdc++-Bibliothek (Version 3)
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms zur Laufzeit

amap-align herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur Paketgröße Größe (installiert) Dateien
alpha 132,8 kB308 kB [Liste der Dateien]
amd64 106,4 kB272 kB [Liste der Dateien]
arm 103,9 kB288 kB [Liste der Dateien]
hppa 126,1 kB276 kB [Liste der Dateien]
i386 95,2 kB252 kB [Liste der Dateien]
ia64 185,4 kB484 kB [Liste der Dateien]
mips 120,8 kB324 kB [Liste der Dateien]
mipsel 121,6 kB324 kB [Liste der Dateien]
powerpc 118,7 kB268 kB [Liste der Dateien]
s390 97,2 kB260 kB [Liste der Dateien]
sparc 100,8 kB264 kB [Liste der Dateien]