Paket: amap-align (2.0-1)

Multiple Alignments durch Sequenz »annealing« bei Proteinen

AMAP ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrfache Alignments von peptidischen Sequenzen durchzuführen. Es verwendet Posterior-Dekodierung, ein Sequenz-heilendes Alignment anstelle der traditionellen fortschreitenden Alignment-Methoden. Es ist das einzige Alignment-Programm, das erlaubt, den Empfindlichkeit-/Genauigkeits-Kompromiss zu kontrollieren. Es basiert auf dem Quellcode von ProbCons, verwendet aber metrische Alignment-Genauigkeit (alignment metric accuracy) und beseitigt die Konsistenz-Transformation.

 Webseite: http://bio.math.berkeley.edu/amap/

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm, Scope: Hilfswerkzeug, Unterstützt Formate: Reiner Text