Paket: zalign (0.9.1-4)

[ Quellcode: zalign  ]

parallel local alignment of biological sequences

zAlign is a local sequence aligner, especially intended for use with large biological DNA sequences, with more than 1Mbp (Millions of base pairs). It uses the Smith-Waterman exact algorithm with affine gap cost function to perform this task.

zAlign can be used both in distributed (clusters, for example) or standalone environments. Currently it has been tested on Linux and Sun Solaris, using both the MPICH (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1/) and OpenMPI (http://www.open-mpi.org/) implementations. Ports for other Unix-like environments are highly considered.

Andere Pakete mit Bezug zu zalign

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nicht armhf]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libopenmpi3

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libstdc++6 (>= 4.9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	47,1 kB	279,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	44,7 kB	263,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	26,1 kB	97,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	47,9 kB	265,0 kB	[Liste der Dateien]