Package: mafft (6.815-1)

[ Source: mafft  ]

Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

MAFFT er et program til justering af flere sekvenser, der tilbyder tre præcisionsorienterede metoder:

  * L-INS-i (nok mest præcis, anbefales for <200 sekvenser;
    iterativ raffineringsmetode som indarbejder information om lokal
    parvis justering),
  * G-INS-i (egnet til sekvenser af samme længder; anbefales til
    <200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode til at indarbejde
    information om den globalt parvise justering),
  * E-INS-i (egnet til sekvenser, der indeholder store regioner som ikke
    kan justeres; anbefales til <200 sekvenser),

og fem hastigheds-orienterede metoder:

  * FFT-NS-i (iterativ raffineringsmetode; blot to cyklusser),
  * FFT-NS-i (iterativ raffineringmetode; maks. 1000 gentagelser),
  * FFT-NS-2 (hurtig; progressiv metode),
  * FFT-NS-1 (meget hurtig; anbefales til >2000 sekvenser; progressiv
    metode med en groft vejledende træ),
  * NW-NS-PartTree-1 (anbefales til ~50.000 sekvenser; progressiv
    metoden med PartTree-algoritmen).

Tags: Biology: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to mafft

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Indlejret GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.7) [not ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Indlejret GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [ia64]

  Indlejret GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• rec: blast2

  Søgeværktøj for Basic Local Alignment

• rec: lynx

  WWW-browser i teksttilstand - overgangspakke

• rec: ruby

  An interpreter of object-oriented scripting language Ruby

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3,154.8 kB	7,096.0 kB	[list of files]
armel	2,931.0 kB	6,480.0 kB	[list of files]
i386	2,296.7 kB	5,636.0 kB	[list of files]
ia64	4,950.6 kB	16,128.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	3,154.7 kB	7,422.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	2,296.6 kB	5,704.0 kB	[list of files]
mips	2,986.5 kB	7,768.0 kB	[list of files]
mipsel	2,997.4 kB	7,768.0 kB	[list of files]
powerpc	2,882.2 kB	6,476.0 kB	[list of files]
s390	2,692.5 kB	6,204.0 kB	[list of files]
sparc	2,620.3 kB	5,980.0 kB	[list of files]