Package: dotter (4.44.1+dfsg-7.1 and others)

[ Source: seqtools  ]

Detaljeret sammenligning af to genomsekvenser

Dotter er et grafisk punkt-matrix program til detaljeret sammenligning af to sekvenser.

 * Alle rester i en sekvens sammenlignes med alle rester i den anden
   sekvens og en matrix med bedømmelser beregnes
 * En sekvens plottes på x-aksen og den anden på y-aksen
 * Støj filtreres ud så at sammenligninger fremstår som diagonale linjer
 * Parvis bedømmelse udlignes over et glidende vindue for at gøre
   bedømmelsesmatrixen mere forståelig
 * Den gennemsnitlige bedømmelsesmatrix former et tredimensionelt
   landskab, med de to sekvenser i to dimensioner og højden på
   spidserne i den tredje. Dette landskab projekteres til to
   dimensioner via et billede i grå skala - jo mørkere grå på en
   spids, jo højere er bedømmelsen
 * Kontrasten og tærsklen for det gråskalerede billede kan justeres
   interaktivt, uden at skulle regne bedømmelsesmatrixen om
 * Et sammenligningsværktøj tilbydes til at undersøge
   sekvenssammenligninger som grå-skala-billedet repræsenterer
 * Kendte højt-scorende par kan indlæses fra en GFF-fil og lægges over
   plottet.
 * Gene models can be loaded from GFF and displayed alongside the
   relevant axis.
 * Sammenlign en sekvens mod sig selv for at finde interne gentagelser
 * Find overlap mellem flere sekvenser ved at udføre et punkt-plot for
   alle sekvenser mod dem selv
 * Kør Dotter i jobtilstand for at oprette store, tidsforbrugende
   punkt-plot som en baggrundsproces

Tags: Interface Toolkit: GTK

Other Packages Related to dotter

• dep: libatk1.0-0t64 (>= 1.12.4) [sparc64]

  Værktøjssættet til ATK-tilgængelighed

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D - vektorgrafikbibliotek

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (OpenSSL-variant)

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [not alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (OpenSSL-variant)

• dep: libfontconfig1 (>= 2.12.6) [sparc64]

  bibliotek til konfiguration af generiske skrifttyper - kørselstid

• dep: libfreetype6 (>= 2.2.1) [sparc64]

  FreeType 2-skriftmotor - delte biblioteksfiler

• dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

  Bibliotek til at visualisere sekvenssammenligninger

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgdk-pixbuf-2.0-0 (>= 2.22.0) [sparc64]

  GDK Pixbuf-bibliotek

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  GLib-bibliotek for C-rutiner

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.12.0) [alpha, sparc64]

  Grafisk brugergrænsefladebibliotek til GTK - ældre version

• dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.12.0) [not alpha, sparc64]

  Grafisk brugergrænsefladebibliotek til GTK - ældre version

• dep: libharfbuzz0b (>= 0.6.0) [sparc64]

  OpenType-tekstformningsmotor - delt bibliotek

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [sparc64]

  Bibliotek til at læse og skrive JSON for C++

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libpangoft2-1.0-0 (>= 1.14.0) [sparc64]

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

Download dotter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	591.6 kB	840.0 kB	[list of files]
amd64	4.44.1+dfsg-7.1+b1	596.6 kB	805.0 kB	[list of files]
arm64	4.44.1+dfsg-7.1+b1	584.3 kB	837.0 kB	[list of files]
armel	4.44.1+dfsg-7.1+b1	576.7 kB	759.0 kB	[list of files]
armhf	4.44.1+dfsg-7.1+b1	577.8 kB	699.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	593.3 kB	795.0 kB	[list of files]
i386	4.44.1+dfsg-7.1+b1	604.0 kB	835.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	621.8 kB	1,052.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	592.5 kB	810.0 kB	[list of files]
mips64el	4.44.1+dfsg-7.1+b1	597.7 kB	924.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	602.2 kB	964.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.44.1+dfsg-7.1+b1	602.2 kB	901.0 kB	[list of files]
riscv64	4.44.1+dfsg-7.1+b1	595.1 kB	757.0 kB	[list of files]
s390x	4.44.1+dfsg-7.1+b1	592.8 kB	825.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	607.6 kB	836.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	580.2 kB	1,554.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	596.7 kB	786.0 kB	[list of files]