Package: abyss (2.3.7-3 and others)

[ Source: abyss  ]

De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger

ABySS er en de nove, parallel, sekvensassembler, som er designet for korte læsninger. Den kan bruges til at samle genom eller transkriptome sekvensdata. Parallelisering opnås via MPI, OpenMP og pthread.

Tags: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program

Other Packages Related to abyss

• dep: bsdextrautils [not hppa, sparc64]

  Ekstra redskaber fra 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  Overgangspakke for flere redskaber fra FreeBSD

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  Package not available

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Delt bibliotek til SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: make

  Redskab til at dirigere kompileringen

• dep: openmpi-bin [not hppa]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - binære filer

• dep: openmpi-common [not hppa]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - fælles filer

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: openmpi-bin

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - binære filer

Download abyss

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.3.5+dfsg-2	3,091.4 kB	12,135.0 kB	[list of files]
amd64	2.3.7-3+b1	3,188.0 kB	9,900.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.7-3+b1	2,960.1 kB	10,548.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.1.0-1	2,719.4 kB	9,671.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.3.5+dfsg-2	3,493.2 kB	17,029.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.3.3-2	3,040.2 kB	9,799.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.7-3+b1	3,074.6 kB	12,772.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.3.7-3+b1	3,101.8 kB	12,984.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.7-3+b1	3,123.3 kB	12,532.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3.7-3+b1	3,141.5 kB	8,296.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.3.3-2	3,276.4 kB	9,167.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2.2-1	2,718.5 kB	9,131.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.3.5+dfsg-2	3,104.9 kB	8,946.0 kB	[list of files]