Package: sim4 (0.0.20030921-3)

[ Source: sim4  ]

Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA

sim4 je nástroj založený na podobnosti sloužící k uspořádání nějak vyjádřené sekvence DNA (EST, cDNA, mRNA) s genomovou sekvencí daného genu. Také detekuje konec shody jakmile se dvě vstupní sekvence překrývají na konci jedné (např. začátek jedné sekvence překrývá konec sekvence jiné).

sim4 využívá techniky blast a pomocí ní určí základní bloky reprezentující "jádra exon". Nejprve detekuje možné přesné shody W-méru (např. slova DNA o velikosti W) mezi dvěma sekvencemi a rozšíří je na maximální skórovací segmenty bez mezer. V druhé fázi jsou exonová jádra rozšířena o sousední dosud nepostižené fragmenty pomocí hladového algoritmu uspořádání. Dál se využije heuristika, která nalezne odpovídající si páry (GT-AG, CT-AC). Je-li to nutné, proces se zopakuje na dříve nepostižených částech s méně přísnými podmínkami.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to sim4

• dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]

  dep: libc6 (>= 2.7-1) [not armhf, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

Download sim4

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	53.4 kB	144.0 kB	[list of files]
armel	52.8 kB	140.0 kB	[list of files]
armhf	46.1 kB	100.0 kB	[list of files]
i386	48.8 kB	132.0 kB	[list of files]
ia64	75.8 kB	220.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	54.1 kB	122.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	49.1 kB	110.0 kB	[list of files]
mips	55.2 kB	160.0 kB	[list of files]
mipsel	55.9 kB	164.0 kB	[list of files]
powerpc	53.5 kB	144.0 kB	[list of files]
s390	51.4 kB	140.0 kB	[list of files]
s390x	57.6 kB	145.0 kB	[list of files]
sparc	49.2 kB	136.0 kB	[list of files]