Package: gff2aplot (2.0-7)

[ Source: gff2aplot  ]

párové alignmenty genomových sekvencí v PostScriptu

Program pro zobrazení alignmentu dvou genomových sekvencí spolu s jejich anotacemi. Poskytuje PostScriptové obrázky alignemntu ze vstupního souboru ve formátu GFF. V nabídce gff2aplot jsou k dispozici tyto možnosti:

 * Obsažné nákresy pro libovolné rysy GFF. Atributy jsou definovány

odděleně, takže můžete upravovat pouze atributy pro daný soubor nebo sdílet shodné atributy mezi více různými datovými množinami.

 * Všechny parametry jsou nastaveny uvnitř programu, ale můžete je nastavit

pomocí pružných upravitelných souborů gff2ps. Program umí pracovat s několika takovými soubory, nejprve shromáždí všechna nastavení a pak vytvoří odpovídající obraz. Navíc můžete nastavit všechny volby pomocí přepínačů příkazové řádky, což umožňuje uživatelům zkoušet tyto parametry ještě před jejich uložením do konfiguračního souboru.

 * Pořadí zdrojů se bere ze vstupních souborů, pokud prohodíte pořadí

souborů, můžete zobrazit alignment a jeho anotace s novým vstupním uspořádáním.

 * Všechna bodování alignmentu mohou být zobrazena v PiP boxu pod oblastí

gff2aplot, přitom se používá šedivá paleta, uživatelsky definovaná paleta nebo přechody v závislosti na skóre.

 * Kromě základních postscriptových písem můžete vybrat ostatní dostupná

písma. Popisky skupin a voleb mohou být otočeny a tak docílíme vyšší čitelnosti na obou osách anotací.

 * Program je unixový filtr, takže můžete zpracovávat data ze souborů,

přesměrování a rour a poslat výstup na standardní výstup a chyby na standardní chybový výstup.

 * gff2aplot umí zacházet s mnoha stránkovými formáty (od A0 až po A10 a

mnohem více - podívejte se na velikosti stránek v jeho manuálu), včetně uživatelem definovaných formátů. To vám umožní např. vytváření map genomu o velikosti plakátu, nebo použití zařízení pracující s rolí papíru, ať už na výšku nebo na šířku.

 * V jednom obrazu můžete mít různé alignmenty a rozlišit je pomocí různých

barev.

 * Byly přidány různé tvary, takže jich je nyní k dispozici mnohem víc

(podívejte se na manuál).

 * Zobrazení anotací do alignmentů napodobují průhlednost pomocí

doplňkových barev. Tato vlastnost umožňuje "míchat barvy" tam, kde se anotace překrývají v horizontálním a vertikálním směru.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, interface::shell, role::program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion, use::viewing, works-with-format::plaintext, Supports Format: works-with-format::postscript, works-with::TODO, Works with: Vector Image

Other Packages Related to gff2aplot

• dep: libc6 (>= 2.7)

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: perl

  Praktický extrakční a reportovací jazyk Larryho Walla

• sug: gff2ps

  Ze souborů GFF vytvoří výstup v PostScriptu

• sug: postscript-viewer

  virtual package provided by evince, evince-gtk, ghostscript, gv, okular, zathura-ps

Download gff2aplot

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
s390	321.5 kB	628.0 kB	[list of files]