Package: bioperl-run (1.6.9-1)

[ Source: bioperl-run  ]

BioPerl wrappers: scripts

Contains scripts from the BioPerl-Run package. This package will also install all wrappable applications packaged in Debian. The ones that are not Free are "Suggested" by this package.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program

Other Packages Related to bioperl-run

• dep: bioperl (>= 1.6.0)

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libbio-perl-run-perl (= 1.6.9-1)

  BioPerl wrappers: modules

• dep: perl

  Praktický extrakční a reportovací jazyk Larryho Walla

• rec: amap-align

  Protein multiple alignment by sequence annealing

• rec: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• rec: blast2

  Základní nástroj pro vyhledávání uspořádání

• rec: bowtie

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• rec: emboss

  european molecular biology open software suite

• rec: exonerate

  obecný nástroj pro párové porovnávání sekvencí

• rec: hmmer

  Markovy modely pro analýzu proteinových sekvencí

• rec: infernal

  inference of RNA secondary structural alignments

• rec: kalign

  Globální a progresivní nastavení seskupení

• rec: mafft

  Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů

• rec: maq

  maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

• rec: muscle

  Vícenásobné uspořádání proteinových sekvencí

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: primer3

  Nástroj pro tvorbu oligo-nukleotidů rozšiřujících DNA

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM and BAM formats

• rec: sim4

  Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA

• rec: t-coffee

  Vícesekvenční uspořádání

• rec: tigr-glimmer

  Detekce genů bakterií a archebakterií

• rec: wise

  comparison of biopolymers, commonly DNA and protein sequences

• sug: ensembl

  Package not available

• sug: gmap

  spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

• sug: molphy

  Package not available

• sug: paml

  Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

Download bioperl-run

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	45.2 kB	144.0 kB	[list of files]