Package: boxshade (3.3.1-4)

[ Source: boxshade  ]

Pěkný tisk vícesekvenčních uspořádání

Boxshade je program sloužící k vytváření pěkně vypadajících tiskových sestav z různých uspořádání proteinů a sekvencí DNA. Program neřeší vlastní uspořádání a vyžaduje vstupní soubor, který je vytvořen tímto programem či ručně upraven příslušnými nástroji.

Boxshade čte sekvenční uspořádání ze souborů PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data a ESEE-save (omezených na maximálně 150 sekvencí s maximálně 10000 položkami). Program umí různá stínování na stejné/podobné zbytky. Výstup je možno zobrazovat na obrazovce ve formátech: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT a HTML.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, Proteins, Software Development: Prettyprint, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Typesetting, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Plain Text, PostScript, TeX and LaTeX

Other Packages Related to boxshade

• dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [not ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• sug: kalign

  Globální a progresivní nastavení seskupení

  or clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

  or mafft

  Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů

  or hmmer

  Markovy modely pro analýzu proteinových sekvencí

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX supplementary packages

• sug: xfig

  Prostředek pro interaktivní generování obrázků pod X11

Download boxshade

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	51.8 kB	244.0 kB	[list of files]
armel	52.7 kB	244.0 kB	[list of files]
i386	45.8 kB	172.0 kB	[list of files]
ia64	66.7 kB	336.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	51.8 kB	170.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	45.3 kB	158.0 kB	[list of files]
mips	52.3 kB	280.0 kB	[list of files]
mipsel	52.4 kB	280.0 kB	[list of files]
powerpc	51.1 kB	248.0 kB	[list of files]
s390	53.0 kB	248.0 kB	[list of files]
sparc	49.2 kB	240.0 kB	[list of files]