[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: sim4  ]

Package: sim4 (0.0.20030921-3)

Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA

sim4 je nástroj založený na podobnosti sloužící k uspořádání nějak vyjádřené sekvence DNA (EST, cDNA, mRNA) s genomovou sekvencí daného genu. Také detekuje konec shody jakmile se dvě vstupní sekvence překrývají na konci jedné (např. začátek jedné sekvence překrývá konec sekvence jiné).

sim4 využívá techniky blast a pomocí ní určí základní bloky reprezentující "jádra exon". Nejprve detekuje možné přesné shody W-méru (např. slova DNA o velikosti W) mezi dvěma sekvencemi a rozšíří je na maximální skórovací segmenty bez mezer. V druhé fázi jsou exonová jádra rozšířena o sousední dosud nepostižené fragmenty pomocí hladového algoritmu uspořádání. Dál se využije heuristika, která nalezne odpovídající si páry (GT-AG, CT-AC). Je-li to nutné, proces se zopakuje na dříve nepostižených částech s méně přísnými podmínkami.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to sim4

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb

Download sim4

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 59.0 kB164 kB [list of files]
amd64 53.4 kB144 kB [list of files]
armel 52.8 kB140 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 56.0 kB124 kB [list of files]
hppa 53.9 kB140 kB [list of files]
hurd-i386 47.8 kB132 kB [list of files]
i386 48.8 kB132 kB [list of files]
ia64 75.8 kB220 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 54.1 kB122 kB [list of files]
kfreebsd-i386 49.1 kB110 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 42.4 kB124 kB [list of files]
mips 55.2 kB160 kB [list of files]
mipsel 55.9 kB164 kB [list of files]
powerpc 53.5 kB144 kB [list of files]
s390 51.4 kB140 kB [list of files]
sparc 49.2 kB136 kB [list of files]