[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: sigma-align  ]

Package: sigma-align (1.1.1-3)

Jednoduché uspořádání nekódovaných sekvencí DNA

Sigma ("Simple greedy multiple alignment") je program uspořádání s algoritmem a skórovacím schématem vytvořeným speciálně pro ne-kódové sekvence DNA. Používá strategii hledání nejlepšího možného uspořádání bez mezer, v každém kroku vytváří nejlepší možné uspořádání skládající se ze stávajících uspořádání a hodnotí skóre důležitosti uspořádání podle délky uspořádaných fragmentů a modelu na pozadí, který je možno dodat nebo vypočítat z pomocného souboru intergenové DNA.

Sigma byl vydán 16. března 2006 na BMC Bioinformatics, 7:143.

Tags: Field: Biology, Implemented in: OCaml, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to sigma-align

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0)
    The GLib library of C routines

Download sigma-align

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 24.6 kB112 kB [list of files]
amd64 22.7 kB108 kB [list of files]
arm 21.3 kB100 kB [list of files]
armel 23.8 kB108 kB [list of files]
hppa 23.7 kB108 kB [list of files]
hurd-i386 20.9 kB100 kB [list of files]
i386 21.0 kB100 kB [list of files]
ia64 30.3 kB136 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 22.7 kB72 kB [list of files]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 20.9 kB66 kB [list of files]
m68k 20.4 kB100 kB [list of files]
mips 23.4 kB112 kB [list of files]
mipsel 23.7 kB112 kB [list of files]
powerpc 25.1 kB112 kB [list of files]
s390 22.3 kB104 kB [list of files]
sparc 21.3 kB104 kB [list of files]