[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: poa  ]

Package: poa (2.0+20060928-2)

Dílčí uspořádání mnohočetných sekvenčních uspořádání

POA znamená "Partial Order Alignment", program je určen pro rychlé uspořádání mnohočetných uspořádání (MSA) v bioinformatice. Mezi jeho přednosti patří rychlost, dostupnost, citlivost a výborná schopnost zpracovat větve uspořádání. Svým přístupem se blíží MSA, které je možno kombinovat se stávajícími metodami jako je progresivní uspořádání. POA optimálně uspořádá páry MSA a ty je pak možno přímo aplikovat na takové progresivní metody uspořádání jako je CLUSTAL. V případě rozsáhlých uspořádání je POA 10-30 krát rychlejší než CLUSTALW. POA byl publikován v Bioinformatics. 2004 července 10;20(10):1546-56.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to poa

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • sug: blast2
    Základní nástroj pro vyhledávání uspořádání

Download poa

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 51.2 kB228 kB [list of files]
amd64 49.0 kB196 kB [list of files]
armel 52.1 kB204 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 46.6 kB184 kB [list of files]
hppa 48.0 kB212 kB [list of files]
hurd-i386 44.1 kB180 kB [list of files]
i386 44.1 kB184 kB [list of files]
ia64 69.8 kB368 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 49.1 kB150 kB [list of files]
kfreebsd-i386 43.9 kB136 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 40.6 kB176 kB [list of files]
mips 48.0 kB252 kB [list of files]
mipsel 49.2 kB260 kB [list of files]
powerpc 46.5 kB208 kB [list of files]
s390 51.8 kB208 kB [list of files]
sparc 45.7 kB216 kB [list of files]