[  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: mummer  ]

Package: mummer (3.20-3)

Efektivní uspořádání sekvencí kompletních genomů

MUMmer je systém rychlého vytváření celých genomů, ať už kompletně nebo v náčrtu. Např. MUMmer 3.0 umí najít všech 20-základních párů nebo větších shod mezi páry 5-mega základních genomů během 13,7 s, přitom využije 78 MB paměti na linuxovém počítači s 2,4 GHz CPU. MUMmer umí také uspořádat částečné genomy; umí zpracovat stovky či tisíce částí projektu s nevídanou lehkostí a uspořádat je do jiné množiny či genomu pomocí programu NUCmer obsaženého v tomto systému. Pokud jsou druhy příliš odlišné, pak může program PROmer generovat uspořádání podle překladu obou vstupních sekvencí.

Tags: Field: Biology, Role: Program

Other Packages Related to mummer

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: csh
    Shell se syntaxí podobnou C, výchozí login shell na systémech BSD
  • dep: gawk
    GNU awk, jazyk na zpracování textu
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [not arm, armel, hppa, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
    Knihovna pro překladač GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
    Knihovna pro překladač GCC
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    Knihovna pro překladač GCC
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [not armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU Standard C++ knihovna verze 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Knihovna pro interpretaci volaných řetězů programu - běhová
  • dep: perl
    Praktický extrakční a reportovací jazyk Larryho Walla

Download mummer

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 420.8 kB1312 kB [list of files]
amd64 392.3 kB1156 kB [list of files]
arm 395.0 kB1088 kB [list of files]
armel 366.9 kB1048 kB [list of files]
hppa 433.3 kB1168 kB [list of files]
i386 370.1 kB972 kB [list of files]
ia64 566.0 kB1856 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 392.9 kB1054 kB [list of files]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 374.0 kB970 kB [list of files]
m68k 352.3 kB1048 kB [list of files]
mips 408.4 kB1300 kB [list of files]
mipsel 409.9 kB1292 kB [list of files]
powerpc 420.8 kB1184 kB [list of files]
s390 379.7 kB1084 kB [list of files]
sparc 378.0 kB1108 kB [list of files]