[  sarge  ] [  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: garlic  ]

Package: garlic (1.6-1)

Program pro vizualizaci biomolekul

Garlic je určen k výzkumu membrán proteinů. Také ho můžete využít vizualizaci dalších proteinů, stejně jako geometrických objektů. Tato verze garlic rozpoznává formát PDB verze 2.1. Garlic je možno používat i k analýze proteinových sekvencí.

Závisí pouze na knihovnách X, žádné další knihovny nejsou potřeba.

Mezi vlastnosti patří: 

 - Pozice řezu a tloušťka se zobrazuje v malém okénku.
 - Pojivo atomů, stejně jako atomy je rozděleno do nezávislých
   vykreslitelných objektů.
 - Barvy atomů a vazeb závisí na pozici. K dispozici je pět mapovacích
   módů (stejně jako pro řezy).
 - Umí zobrazovat stereo-obrázek.
 - Umí zobrazovat další geometrické objekty, jako jsou membrány. 
 - Informace o atomech jsou k dispozici pro atomy, na které ukážete.
   Nemusíte klikat, jednoduše přesuňte ukazatel myši nad danou strukturu.
 - Umí načítat více než jednu strukturu.
 - Umí vykreslit graf Ramachandran, šroubovici, Vennův diagram,
   okamžitý graf s průměrnou i aktuální hydrofobicitou.
 - K dispozici je příkazový řádek, který se nachází dole v hlavním okně.
   Zobrazuje chybové zprávy a příkazy.

Tags: Field: Biology, Chemistry, User Interface: X Window System, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Data Visualization, X Window System: Application

Other Packages Related to garlic

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libx11-6
    X11 client-side library
  • sug: garlic-doc
    [Chemistry] a molecular visualization program - documents
  • sug: openbabel
    Chemical toolbox utilities

Download garlic

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 319.9 kB1136 kB [list of files]
amd64 265.3 kB952 kB [list of files]
arm 251.9 kB892 kB [list of files]
armel 278.9 kB968 kB [list of files]
hppa 270.1 kB912 kB [list of files]
hurd-i386 233.5 kB900 kB [list of files]
i386 236.1 kB916 kB [list of files]
ia64 376.2 kB1564 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 264.2 kB850 kB [list of files]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 233.6 kB802 kB [list of files]
m68k 206.7 kB828 kB [list of files]
mips 285.7 kB1092 kB [list of files]
mipsel 284.9 kB1092 kB [list of files]
powerpc 264.0 kB932 kB [list of files]
s390 232.5 kB856 kB [list of files]
sparc 240.0 kB912 kB [list of files]