[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: dialign-t  ]

Package: dialign-tx (1.0.2-1)

Segmentové multisekvenční uspořádání

DIALIGN-TX je nástroj příkazové řádky provádějící multisekvenční uspořádání bílkovin a sekvencí DNA. Jedná se o kompletní reimplementaci segmentového pojetí včetně různých nových vylepšení a heuristiky, která významně přispívá ke kvalitě vytvořeného uspořádání - oproti DIALIGN 2.2 a DIALIGN-T. Pro párové uspořádání používá DIALIGN-TX algoritmus řetězení částí, který šetrně přidá nízko oceněná místní uspořádání do izolovaných částí s vysokým skóre. Pro vícenásobné uspořádání, DIALIGN-TX používá vylepšenou hladovou proceduru, která není tolik citlivá na podvržené podobnosti v místním uspořádání.

DIALIGN-TX publikoval Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to dialign-tx

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-1)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb

Download dialign-tx

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 65.0 kB192 kB [list of files]
amd64 56.4 kB164 kB [list of files]
armel 57.7 kB160 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 61.5 kB160 kB [list of files]
hppa 59.2 kB156 kB [list of files]
hurd-i386 50.8 kB152 kB [list of files]
i386 51.4 kB152 kB [list of files]
ia64 82.7 kB288 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 56.4 kB134 kB [list of files]
kfreebsd-i386 51.3 kB122 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 44.2 kB148 kB [list of files]
mips 57.5 kB184 kB [list of files]
mipsel 57.7 kB184 kB [list of files]
powerpc 59.3 kB164 kB [list of files]
s390 55.3 kB156 kB [list of files]
sparc 55.5 kB164 kB [list of files]